Usagi Yojimbo, onorevole samurai e coniglio fuori dal tempo, è rimasto bloccato a New York da quando uno degli esperimenti di Donatello con un portale transdimensionale è andato male. Usagi è cresciuto fino ad apprezzare la città, i suoi amici Tartarughe e, soprattutto, la pizza, ma vuole ancora tornare alla sua dimensione più di ogni altra cosa. Quando Donatello trova finalmente il modo, il guerriero coniglio invita le Tartarughe a visitare la sua casa... dove trovano un nuovo pericoloso nemico.