Molto prima che l'organizzazione venisse corrotta da Shredder, lo scopo originale del Clan del Piede era quello di salvare il Giappone dal kaiju! Ora, al giorno d'oggi, Godzilla e i suoi compagni mostri sono riapparsi. Non solo il Piede non è disposto a fermarli... sembrerebbe che dietro gli attacchi ci sia lo stesso Shredder! Il malvagio ninja sta tentando di utilizzare il kaiju per crearne uno nuovo mutageno, che darebbe al suo scagnozzo un enorme aggiornamento.