Casey Jones è stato colpito da D.A. Hale, è sveglio e ha una seconda possibilità nella vita. Invece di prendere le cose con calma, si tuffa a capofitto nell'azione. Casey sta facendo tutto il possibile per proteggere le persone di New York City, ma coloro che gli sono più vicini pensano che stia esagerando. April O'Neil e le Tartarughe Ninja, specialmente il migliore amico di Casey, Raffaello, sono preoccupati. Le cose stanno per peggiorare mentre un nuovo ceppo di mutageno inizia a cambiare la forma di New York City, e un nuovo villain minaccia tutto ciò in cui Casey crede.