Serie regolare in continuity con l'universo "Energon". Conrad Hauser, nome in codice Duke, ha assemblato una forza speciale nota come G.I. Joe per combattere il crescente potere del misterioso Cobra all'indomani dell'arrivo degli Autobot e dei Decepticon sulla Terra. Ma l'enigmatico Comandante Cobra ha scatenato il potere di Energon come mai prima d'ora!