L'equipaggio della Edens Zero inverte con successo la macchina drenante di Drakken, ma questi finisce per trasformarsi in un mostro gigante che sopraffà Shiki e Weitz. Prima che Drakken possa ucciderlo, Shiki riacquista alcuni dei suoi ricordi dalla linea temporale precedente e attiva la sua forma Overdrive, sconfiggendo Drakken e riportandolo a uno stato anziano e debole. Dopo che Drakken è stato arrestato, Rebecca scopre che nessuno dei suoi amici ha incontrato Connor nell'attuale linea temporale, dove la Edens One non è stata distrutta. L'equipaggio decide quindi di rivisitare Granbell prima del viaggio verso Mother, solo per scoprire la morte dei robot e la verità sul loro comportamento. Vengono improvvisamente avvicinati da uno Ziggy riattivato, che dichiara insolitamente la sua intenzione che le macchine governino l'umanità, evocando la Edens One e distruggendo Granbell. I membri dell'equipaggio della Zero vengono però salvati da Elsie a bordo della Skull Fairy, costringendo quelli della One a ritirarsi. Dopo che Elsie è partita all'inseguimento di Ziggy, l'equipaggio della Zero arriva a Dragonfall per riprendere il viaggio, giurando di sconfiggere Ziggy.