Mentre pulisce la sua nuova nave con i suoi amici, Shiki attiva inconsapevolmente una donna androide di nome Witch Regret, che riconfigura la nave nella sua forma originale, la corazzata Edens Zero. Witch dice all'equipaggio che prima di attraversare Dragonfall, uno sciame di draghi che separa il Cosmo Sakura dalle altre regioni della spazio, devono ripristinare le funzioni della nave riunendo il gruppo di androidi di Witch, le 4 Stelle Luminose. Tornato a Blue Garden, Shiki salva la rivale B-Cuber di Rebecca, Labilia Christy, dal mercenario Jinn, membro dei Rogue Out, la cui organizzazione - guidata dalla Stella Luminosa Sister Ivry - cattura Rebecca e la consegna assieme alle altre B-Cuber rapite sul pianeta senza legge di Guilst. Shiki e i suoi amici si recano a Guilst per salvare Rebecca, reclutando un'utilizzatrice di Ether Gear di nome Homura Kōgetsu, che ha familiarità con la Edens Zero. Rebecca raduna le B-Cuber per fuggire e si riunisce con Shiki, che si prepara a combattere Sister e i suoi mercenari. Nel frattempo, Witch afferma che il Cronografo si sta avvicinando al pianeta.