La richiesta di aiuto da parte di una madre mutante porterà Jennika ad affrontare le conseguenze di uno dei momenti più oscuri del suo passato al servizio di Shredder. Quest'ultimo, ritornato in vita, già da qualche tempo sta osservando (e aiutando) nell'ombra le Tartarughe Ninja, mentre April O'Neil fa una scoperta che potrebbe costarle la vita.