Nell'anno 2015, quindici anno dopo il cataclisma mondiale conosciuto come "Second Impact", il giovane Shinji Ikari arriva a Neo Tokyo-3 su richiesta del padre Gendo, che non vede da anni. Durante l'incontro con Misato Katsuragi, una donna che lavora per Gendo, la città è attaccata da una creatura gigantesca chiamata "Angelo". Misato conduce Shinji alla sede della Nerv, un'organizzazione, guidata da Gendo, che ha creato degli enormi mecha bio-meccanici conosciuti come "Evangelion". Poiché Rei Ayanami, pilota dell'Unità 00, è ferita, Gendo chiede al figlio di prendere il suo posto. Shinji decide di affrontare l'Angelo, chiamato Sachiel, ma va in panico non appena lo vede per la prima volta. Durante lo scontro Shinji riesce a far sì che l'Eva attacchi furiosamente il nemico, che si autodistrugge causando lievi danni all'Eva. Il giorno seguente Misato scopre che Gendo non ha intenzione di andare ad abitare con Shinji, e quindi la donna decide di diventare il tutore del ragazzo e di ospitarlo nel suo appartamento per non farlo stare isolato.