Yato è un dio minore che cerca di guadagnarsi da vivere esaudendo richieste di ogni tipo per soli cinque yen. Dopo aver aiutato una studentessa, il suo shinki Tomone, ossia lo strumento divino che Yato usa per combattere gli ayakashi, decide di licenziarsi dal dio, viste le pessime condizioni in cui vivono. Rimasto solo, Yato accetta di cercare il gatto di un bambino; durante la ricerca, il dio si imbatte in Hiyori, una studentessa delle medie. Mentre Yato rincorre il gatto in mezzo alla strada, Hiyori, vedendolo, lo spinge via per evitare che venga investito da un autobus. La ragazza sembra essere uscita indenne dall'incidente, ma si ritrova ad osservare il suo corpo dall'esterno. Risvegliatasi in ospedale, Hiyori non riesce a ricordarsi di Yato e di ciò che è accaduto. Tuttavia, dopo essere stata dimessa, la ragazza si rende conto di provare una forte sonnolenza e, senza accorgersene, si separa dal suo corpo. Imbattendosi di nuovo in Yato, il dio le spiega che dopo l'esperienza traumatica è in grado di separare la propria anima del corpo, diventando così un abitante della "fenditura", cioè un essere a metà tra il mondo umano e il mondo degli ayakashi come lui e gli shinki. Hiyori inizia dunque a vedere quelle creature dapprima nascoste, e, mentre una sera la ragazza si trova ad affrontare una "tormenta" di spiriti, Yato la salva trasformando un'anima nel suo nuovo strumento divino, Sekki.