Dire decide di affrontare Dio e lancia un attacco, ma viene catturato dalla capacità di congelamento di Dio e viene fatto a pezzi, anche se con il suo ultimo respiro, riesce a sparare una rosa con le onde concentriche nell'occhio di Dio. Mentre Jonathan impara dal sacrificio come può danneggiare Dio usando la spada che ha ricevuto da Bruford, Tompetty e Straitso combattono il suo esercito non-morto. Jonathan riesce infine a superare le difese di Dio e a distruggere il suo corpo, ignaro che questi riesca a salvare la sua testa. Credendo di essersi liberato per sempre di Dio, Jonathan decide di sposare Erina, ma nel viaggio verso gli Stati Uniti viene attaccato dagli ultimi seguaci del nemico, che intende impadronirsi del suo corpo. Ferito mortalmente, usa le sue ultime energie per far esplodere la nave, nel tentativo di portare Dio con se. Erina, incinta del figlio di Jonathan, riesce a scappare portando con se una bambina. Nel 1938, 49 anni dopo la morte di Jonathan, Speedwagon, che è diventato un ricco magnate del petrolio, convoca Straitso in Messico, in quanto un equipaggio di spedizione ha scoperto una tomba riempita di Maschere di Pietra e un corpo pietrificato ritenuto l'essere che le ha create. Ma Straitso, rivelando di essere ossessionato dall'immortalità che aveva raggiunto Dio, uccide la squadra archeologica e usa il sangue di Speedwagon per attivare una Maschera di Pietra. Nel frattempo, a New York, il nipote di Jonathan, Joseph Joestar, usa le onde concentriche per salvare un giovane ladruncolo chiamato Smokey Brown da alcuni poliziotti corrotti, e si riunisce alla nonna Erina. Joseph, Erina e Smokey incontrano un conoscente della mafia di Speedwagon che li informa che Speedwagon è stato ucciso da Straitso.