Ghost in the Shell 2: ManMachine Interface è ambientato cinque anni dopo gli eventi di Ghost in the Shell. Motoko Kusanagi, ora fusa con il Marionettista a formare una delle forme di vita più avanzate del pianeta, che si fa chiamare Motoko Aramaki e che ha un nuovo corpo, guida il potente gruppo industriale Poseidon Industrial, controllando dall'ombra e attraverso la rete la politica e l'economia mondiale. Quando in un centro medico della Poseidon alcuni maiali impiegati come riserva di organi per esseri umani vengono uccisi, Aramaki inizia a indagare sui responsabili, ricorrendo a una schiera di corpi di riserva situati in tutto il mondo e alla sua abilità di introdursi tramite la rete in diversi sistemi informatici e cyber-brain. L'indagine conduce Aramaki a infiltrarsi nel Decatoncale, uno dei computer più avanzati della Terra, dove scopre che il responsabile della manomissione ai maiali è lo Stabat Mater, un'entità del cyberspazio che dispone di diverse identità simili a Motoko Kusanagi e identifica Motoko Aramaki come 11º isotopo, ovvero la sua undicesima figlia. Dopo una breve lotta tra le due, apprese le motivazioni dello Stabat Mater, Aramaki si accorda con uno dei suoi alter ego, Tamaki Tamai, per dare origine a una nuova forma di vita che potrebbe portare all'evoluzione umana.