Conan, Ran e Kogoro conoscono il dottor Tomoaki Araide risolvendo il caso dell'omicidio di suo padre. In seguito, all'uscita da scuola, Ai e Conan notano la Porsche 356A di Gin parcheggiata in una strada: Conan installa alcune cimici all'interno dell'automobile, per poter ascoltare i dialoghi dei due membri dell'organizzazione. Gin però si accorge di essere ascoltato da Ai e Conan in quanto, oltre alla cimice, l'uomo trova un capello della ragazza, dal caratteristico colore castano, raro in Giappone. Gin immagina Shiho nuda. Il malvivente dà volutamente un indizio ai due ragazzi: quella stessa sera, in un hotel della città, un membro dell'organizzazione di nome Pisco commetterà un omicidio. Gin cerca così di avere un'occasione per uccidere Sherry, e parlando di lei al telefono con Pisco dice che vuole vedere che faccia ha, perché "dal collo in giù non serve". Durante la serata, Conan e Ai decidono di entrare nell'hotel con la speranza di evitare l'omicidio e di scoprire altre informazioni riguardo agli uomini in nero: sfortunatamente però l'omicidio avviene come da programma e Ai viene rapita. Casualmente, Ai indossa gli occhiali di Conan ed è quindi in grado di comunicare con lui e con il dottor Agasa che li attende fuori dall'hotel; la ragazza è stata rinchiusa in una sala piena di liquori dove è presente anche un computer dell'organizzazione. Conan le consiglia di salvare più dati possibili da quel pc e di bere il Paikal che il ragazzo aveva già provato come antidoto temporaneo all'APTX. Dopo aver copiato alcuni dati sull'APTX ed essere tornata momentaneamente grande grazie al Paikal, Shiho riesce a uscire dalla stanza attraverso il camino. Una volta raggiunto il tetto, Gin le spara: Conan interviene tempestivamente, salvando la vita a Shiho; il piccolo detective però non riesce ad addormentare Gin con l'ago soporifero. Shiho torna nei sotterranei e le si para davanti Pisco, davanti al quale si rimpicciolisce. Pisco è un vecchio conoscente della famiglia Miyano, e afferma che i genitori di Shiho gli avevano parlato della sostanza, che ora lei ha di molto perfezionato. Pisco, che aveva già scoperto l'identità di Ai, cerca di ucciderla; per fortuna Conan riesce nuovamente a salvare la ragazza da morte certa, riuscendo a scappare prima dell'arrivo di Gin nella stanza. Il malvivente, su ordine del capo dell'organizzazione, uccide Pisco, mentre l'hotel va a fuoco a causa dell'alcool rovesciatosi mentre Pisco fumava. Ai afferma che il floppy su cui aveva salvato i dati riguardanti l'APTX è rimasto bruciato. L'attrice Chris Vineyard, che si trovava nell'albergo, compare infine in macchina con Gin e Vodka: è un membro dell'organizzazione, con il nome in codice di Vermouth.