Conan e Ai riescono a ottenere delle audiocassette registrate dalla madre di Ai. In una scena successiva, Ai ascolta qualcosa che non viene rivelato al lettore. Ran e Sonoko si recano a casa della professoressa Jodie e qui risolvono un caso con l'aiuto di Shinichi. Ran scopre le immagini tenute nascoste dalla sua professoressa. In un flashback si scopre come è avvenuto il primo incontro tra Jodie e Vermouth. Successivamente Vermouth spedisce un invito a una festa di Halloween fuori stagione sia al detective Mori, sia al detective Kudo (nonostante la lettera sia indirizzata a Conan). Entrambi decidono di partecipare. Ai cerca di dissuadere Conan dall'accettare l'invito, ma il giovane detective non le dà ascolto: la addormenta con uno dei suoi aghi e la lascia sola in casa del dottor Agasa. Ai si sente male e cerca di contattare il dottor Araide per una visita. Alla porta si presenta però la professoressa Jodie che le offre insistentemente un passaggio, riuscendo in questo modo a prendere la giovane prima del dottor Araide. Quest'ultimo decide di seguire le due sino a un piazzale nei pressi del porto. A questo punto la professoressa blocca la vettura e obbliga il dottore a rivelare la sua vera identità. Vermouth, uno dei membri più importanti dell'organizzazione, si è sostituita al dottor Araide. Vent'anni prima è stata proprio Vermouth a uccidere i genitori di Jodie. Si viene inoltre a conoscenza del fatto che Chris e Sharon Vineyard sono la stessa persona. Vermouth ha finto la morte della "madre" per nascondere alla gente che il suo corpo non invecchia mai. Ai, che fino a quel momento aveva il volto coperto da una mascherina, rivela alla malvivente di essere Conan Edogawa. Alla festa in maschera la persona che aveva partecipato con il nome di Shinichi Kudo rivela in realtà di essere Heiji Hattori, il quale in poco tempo risolve un caso di omicidio commesso nel luogo del party. Sul molo la situazione peggiora: infatti la vera Ai, ha seguito gli altri grazie agli occhiali del piccolo detective. Vermouth, approfittando dell'occasione, riesce ad addormentare Conan, anche se non riesce a sparare ad Ai, nella quale la donna riconosce Sherry, l'ex-membro dell'organizzazione. Ad aiutare la ragazza entra in scena Ran, nascostasi nell'auto della professoressa, e con la cui azione riesce a salvare la vita di Ai. Infatti Vermouth non vuole sparare a Ran, perché le aveva salvato la vita a New York travestita da serial killer. Vermouth cerca di fermare Calvados, il cecchino suo collega appostato dietro ad alcuni container. Jodie rimane ferita. Shuichi Akai riesce a salvare la vita alla partner, spezzando le gambe a Calvados. Non riesce però a evitare la fuga di Vermouth: da qui poi, si viene a sapere che lo stesso Akai cerca di non farsi vedere dalla piccola Ai e svanisce prima che lei possa riprendere conoscenza. Conan, dopo essere stato addormentato, è stato messo nella stessa auto con cui Vermouth è fuggita, e perciò è ancora con lei. La donna comunque, una volta fuggita, riesce a far perdere i sensi al giovane, a mettersi in contatto con il boss, e a fuggire facendo perdere le sue tracce, lasciando Conan alle cure del dottor Agasa, che stava giungendo sul luogo. Infine, Calvados si suicida per non essere catturato. La professoressa Jodie, ricoverata in ospedale, e James Black, anch'egli membro dell'FBI, offrono ad Ai la possibilità di crearsi una nuova vita, attraverso il programma di protezione testimoni.