Una spia russa è stata assassinata in Giappone. Due sono gli indizi relativi a questo caso: una misteriosa ragazza di nome Maya e un progetto di bio-terroristi chiamato "Bloody Monday". Fujimaru Takagi è un hacker abilissimo, e viene incaricato dall'Agenzia dei Servizi Segreti per la Pubblica Sicurezza di indagare sull'accaduto. Intanto suo padre, membro della stessa agenzia, è costretto a fuggire perché sospettato dell'omicidio. Mentre Fujimaru cerca di trovare qualche elemento utile al caso, inizia a sospettare di Maya, la sua insegnante di liceo…