Nella classe di Conan arriva una nuova studentessa: Ai Haibara. Quest'ultima, pur essendo molto riservata e apparentemente scorbutica, entra a fare parte della squadra dei giovani detective. Al termine del caso nel quale vengono coinvolti la ragazza rivela a Conan di essere un ex membro dell'organizzazione, con il nome in codice di Sherry, nonché la creatrice dell'APTX 4869. Ai rivela a Conan di chiamarsi Shiho Miyano e di essere la sorella di Akemi Miyano. Gin e Vodka avevano capito che lei voleva lasciare l'organizzazione e quindi avevano deciso di eliminarla. Nel luogo in cui era stata rinchiusa la ragazza aveva ingerito la sua stessa creazione tornando a essere una bambina. Conan è molto arrabbiato con Ai perché lei è la causa del suo stato attuale. Il dottor Agasa però fa notare al ragazzo che anche Ai è una vittima dell'organizzazione e che averla dalla loro parte potrebbe essere d'aiuto per le indagini. Ai infatti sfrutterà il laboratorio del dottor Agasa per aiutare Conan nella ricerca di un antidoto.